La alianza entre la Fundación Barça y la Fundación Messi se inició en 2012 con el objetivo de fomentar la inclusión social de niños y jóvenes de todo el mundo a través del deporte y concretamente pone el foco en la mejora de la situación y el bienestar de niños afectados por la guerra, la violencia y la pobreza o la discapacidad así como de todos aquellos niños y niñas que sufren enfermedades severas.

En el marco de esta colaboración se han llevado a cabo últimamente diversas acciones como la entrega de lotes escolares a los menores que viven en Siria y que, debido a la guerra, han tenido que abandonar sus estudios. Con Special Olympics Cataluña se apoya a cuatro escuelas que siguieron el programa internacional de esta organización que busca potenciar la actividad física de jóvenes con discapacidad. En Argentina, el programa se lleva a cabo en cinco municipios de Rosario y Villa Gobernador Gálvez, que responden a criterios de vulnerabilidad, ya que son barrios con índices altos de pobreza y violencia. Esta acción conjunta de ambas fundaciones se materializa con dos sesiones de dos horas semanales donde se aplica la metodología de la Fundación Barça basada en el deporte.

Por otra parte, la Fundación Leo Messi y la Fundación Barça colaboran en varios programas y campañas especialmente focalizados en temas pediátricos de investigación y para la integración de niños y niñas vulnerables o con discapacidad. Además de la participación en proyectos de investigación sobre el cáncer infantil con el hospital Sant Joan de Déu, ambas fundaciones están colaborando en la construcción del nuevo Sant Joan de Déu Pediatric Cancer Centre.