L'aliança entre la Fundació Barça i la Fundació Messi es va iniciar el 2012 amb l'objectiu de fomentar la inclusió social d'infants i joves de tot el món a través de l'esport i, concretament, posa el focus en la millora de la situació i el benestar d'infants afectats per la guerra, la violència i la pobresa o la discapacitat així com de tots els nens i nenes afectats per malalties severes.

En el marc d'aquesta col·laboració s'han dut a terme darrerament diverses accions com el lliurament de lots escolars als menors que viuen a Síria i que, a causa de la guerra, han hagut d'abandonar els seus estudis. Amb Special Olympics Catalunya es dona suport a quatre escoles que van seguir el programa internacional d'aquesta organització que busca potenciar l'activitat física de joves amb discapacitat. A l'Argentina, el programa es porta a terme a cinc municipalitats de Rosario i Villa Gobernador Gálvez, que responen a criteris de vulnerabilitat ja que són barris amb índexs alts de pobresa i violència. Aquesta acció conjunta d’ambdues fundacions es materialitza amb dues sessions de dues hores setmanals on s’aplica la metodologia de la Fundació Barça basada en l'esport.

D'altra banda, la Fundació Leo Messi i la Fundació Barça col·laboren en diversos programes i campanyes especialment focalitzats en temes pediàtrics d'investigació i per la integració de nens i nenes vulnerables o amb discapacitat. A més de la participació en projectes de recerca sobre el càncer infantil amb l'Hospital Sant Joan de Déu, ambdues fundacions estan col·laborant en la construcció del nou Sant Joan de Déu Pediatric Cancer Centre.